透明FPC作为一种柔性电路板，虽然具有许多优点，但也存在一些缺点：

1. 成本高：透明FPC的制作需要使用高透明的基材和导电材料，这些材料成本较高，导致透明FPC的成本也相对较高。

2. 加工难度大：透明FPC的加工需要精细的工艺和设备，对温度、时间、环境等条件的要求也比较高，因此加工难度较大。

3. 可靠性问题：透明FPC的可靠性问题主要包括粘接问题、电镀问题、切割问题、铆合问题等，这些问题会影响透明FPC的性能和可靠性。

4. 尺寸稳定性差：由于透明FPC的材料和加工工艺等因素的影响，其尺寸稳定性相对较差，容易发生变形和尺寸变化。

5. 耐化学腐蚀性差：透明FPC的耐化学腐蚀性相对较差，容易受到化学物质的腐蚀。

综上所述，透明FPC的缺点主要包括成本高、加工难度大、可靠性问题、尺寸稳定性差和耐化学腐蚀性差等。这些缺点可能会对透明FPC的应用和发展产生一定的限制和挑战。